Dit systeem omvat het bewegingsapparaat van het paard. Onder het bewegingsapparaat vallen alle botten, pezen, spieren, gewrichten, wervels e.d. De behandeling van het paard begint vaak aan de wervelkolom. In de wervelkolom zijn vaak blokkades te vinden. Een blokkade loopt een paard op door bijvoorbeeld een val, vastliggen in de stal etc. Een blokkade betekent dat de beweeglijkheid tussen twee wervels verdwenen of verminderd is. Tussen twee wervels treden twee zenuwen uit, één naar links en één naar rechts. Bij een blokkade is de werking van de zenuw vaak verstoord. Deze zenuw geeft dan verstoorde informatie naar het gebied waar hij naar toe loopt (spier, huid, organen etc.), waardoor dit gebied in de problemen kan raken. In het gebied van een blokkade zijn de spieren daardoor vaak te hard en is de huid overgevoelig.
Wanneer een lichaam gezond is, heeft het een natuurlijk vermogen om storingen die optreden zelf te verhelpen. Door verschillende oorzaken, bijvoorbeeld door een val, vastliggen in de stal, een periode van ziekte en dergelijke, kan dit evenwicht zo verstoord raken dat het paard niet meer in staat is dit zelf te verhelpen. Is er een verstoring in een bepaald systeem dan kan dit een verstoring in een ander systeem geven. Zo kan een oorzaak - gevolgketen ontstaan. Voor de behandeling betekent dit dat het lichaam altijd in zijn totaliteit wordt behandeld.